Er zijn tal van uitdagingen in watermanagement, waarvan sommige algemeen en andere specifiek voor bepaalde regio's. Tijdens een project komen veel technische, financieel-economische en sociaalmaatschappelijke uitdagingen samen. Vaak schuurt het algemeen belang, bijvoorbeeld het versterken van een dijk, met persoonlijke belangen of belangen van andere aard; zoals klimaat en milieu.

Gemaakte keuzes moeten kunnen worden uitgelegd aan niet alleen het bestuur maar ook de omgeving. Systems Engineering zorgt ervoor dat achteraf duidelijk is waarom bepaalde keuzes gemaakt zijn en beperkt risico’s. Systeemdenken is een hulpmiddel om complexe waterprojecten beheersbaar en voorspelbaar te maken.